首先，它可以通過和解來處理。如果和解不成功，可以要求第三方機構介入調解。如果和解不能調解，可以收集證據，向法院起訴解決。只有這樣，法院才能求作出公平公正的判決。

　　(1)和解。

　　和解是當事人在尊重雙方利益的基礎上，就爭議事項達成協議，解決爭議的一種方式。和解是當事人在自愿原則下自由選擇解決臺灣糾紛的一種方式，而不是解決合同糾紛的必要程序。雙方也可以直接選擇其他方式解決爭議，而無需協商和解。

　　(2)調解。

　　調解是在第三人的主持下，通過說服教育等方式解決當事人之間的合同糾紛。調解有兩種方式。一是人民調解委員會調解當事人的合同糾紛，可以向爭議當事人所在地或者爭議發生地的人民調解委員會申請調解。二是行政調解。主要是指工商行政管理機關居中調解合同當事人糾紛。申請行政調解的爭議，必須具備下列條件：申請人必須是與本案直接相關的當事人，具有明確的被申請人、具體的調解請求和事實依據；符合工商行政管理機關受理案件范圍的規定。但是已向人民法院起訴或者已向仲裁機構申請裁決的。調解申請不求另一方不同意調解，調解申請不予受理。當事人接受調解達成協議的，應當作出調解協議，當事人應當按照調解協議履行各自的義務。由于調解協議沒有法律強制力，如果一方不履行，另一方不能要求人民法院強制執行，但爭議可以通過其他方式解決。

　　(3)仲裁。

　　仲裁是雙方根據爭議發生前后達成的仲裁協議，將爭議提交仲裁機關裁決解決的方式。“準司法”仲裁機構作出的仲裁裁決具有法律效力，當事人應當履行。

　　(4)訴訟。

　　訴訟是指合同糾紛發生后，當事人沒有仲裁協議的，任何一方都可以向人民法院提起民事訴訟，要求人民法院依法處理合同糾紛。這是解決合同糾紛最常見的方式。合同糾紛經人民法院審理作出判決后，當事人必須履行對人民法院作出的具有法律效力的判決的調解書。拒不履行的，另一方可以向人民法院申請強制執行。

　　建設工程合同糾紛發生后，可以通過四種方式解決，一般包括和解、調解、仲裁和訴訟；但是，如果可以在和解或調解的情況下解決，雙方不需要通過法律程序。因此，他們必須知道如何保護自己的權益。如果合同糾紛得不到很好的解決，他們的利益就會受到損害。